これまで書いた文章のprolog化では、ルートとなるべきフレーズ（句）が決まると、文章全体を表すフレーズリストから、プログラムによって一意にprolog化が実行された。
ただ、このプログラムでは接続詞がうまく取り扱われていない。「または」などの接続詞は、文章の大き化構造を作り出す大切な役割を果たしている。文章の大きな構造をどのようにして生み出すのか、そこを取り上げる。
今、0番から9番までの番号がついた10個のフレーズからなる文章があったとしよう。そして、6番目の句がルートであったとする。これを単純に次のように表す。
[0, 1, 2, 3, 4, 5, (6), 7, 8, 9]
今、このうち、2,3,4番目のフレーズをその中で相対的に自立させて、サブツリーとし、そのルートを３番とする。それは次のように書ける。
[0, 1, [2, (3), 4], 5, (6), 7, 8, 9]
一般的ルールはすぐに想像つくだろう。サブツリーの中の、サブサブツリーというのもあり得る。
重要な原則は「あるツリーのルートは、そのサブツリーの中にあってはならない」ということである。ただし、厳密に言うと、少し違う。
これまでの記事の例を見てみよう。極端に短いものだが「私はりんごまたはみかんが好きだ」（変な日本語だが）の場合、フレーズリストは次のようになる
0 私 は 1 りんご または 2 みかん が 3 好き だ
ここで、最初は、フレーズ番号、２番目は名詞または動詞の語（以下、「リーフ語」）、最後は助詞、助動詞、接続詞（以下「ノード語」と言おう）である。ルート句を2にすると、サブツリーがない状態では
[0, 1, (2), 3,]
となる。もし、1,2をサブツリーとし、1をルートとすると、
[0, [(1), (2)], 3,]
と言う書き方が許される。基本、一つのサブツリーに二つのルートはあり得ないが、サブツリーの右端のフレーズは、ルートになれるのである。
サブとメインの関係は上記のようになっている。厳密には、サブツリーの右端のノード語は、そのサブツリー全体のノード語なのである。ここがポイントである。